Der Krieg hat auf Paleis Het Loo große und kleine Spuren hinterlassen. Was lässt sich davon heute noch erkennen? Nach Kriegsende stellte man fest, dass Paleis Het Loo die Besatzungszeit verhältnismäßig unversehrt überstanden hatte. Einiges an der Inneneinrichtung war durch intensiven Gebrauch beschädigt worden. Aufgrund des umsichtigen Verhaltens des Hausmeisters Wiessner konnten viele kostbare Gegenstände zurückgeholt werden. Königin Wilhelmina kehrte im Juni 1945 nach Apeldoorn zurück. Als Erinnerung an den Krieg ließ sie einige sichtbare Spuren der deutschen Besatzung nicht beseitigen.
Rückkehr der Hochwasserbibel
Paleis Het Loo hat den Krieg verhältnismäßig unversehrt überstanden. Im Hauptgebäude des Schlosses sind jedoch Holzverkleidungen, Fußböden und Wandbespannungen beschädigt worden. Die intensiv genutzten Seitenflügel haben dabei am meisten gelitten. Der Platz bei den Stallungen nimmt am 4. November 1944 schweren Schaden, als bei einem alliierten Angriff das Hauptquartier der Waffen-SS, das seinen Sitz im nördlichen Eckpavillon des Geländes hat, in Flammen aufgeht. Nach der Befreiung kann der größte Teil des ausgelagerten Inventars nach Het Loo zurückgebracht werden. Bemerkenswert ist die Rückkehr der „Hochwasserbibel“, das heißt der Familienbibel der Oranier, die ihren festen Platz in der Kapelle hat, aber in den Kriegsjahren ins Jagdschloss Aardhuis gebracht wird. Die abziehenden Deutschen stehlen die Bibel aus ihrem Versteck, lassen sie jedoch bei ihrer Flucht in den Wäldern bei Nieuw Milligen zurück. Dort wird die Bibel von umherziehenden Sinti und Roma gefunden, die sie wieder ins Paleis Het Loo bringen.
Spuren der deutschen Besatzer bewusst nicht beseitigt
Im Frühjahr des Jahres 1946 kehrt Königin Wilhelmina in ihr Schloss zurück. Bei ihrem Einzug in Het Loo über das sogenannte Groene Kwartier (Grüne Viertel) an der Koningslaan bittet sie um ein Sjoelbak (Jakkolo), um damit deutlich zu machen, dass sie wieder zu Hause ist. Aus Protest gegen die Nutzung des Schlosses durch die Deutschen lässt Königin Wilhelmina die Rostflecken, die das Rasiermesser eines deutschen Offiziers auf dem Marmorboden ihres Badezimmers hinterlassen hat, nicht entfernen. Auch die Verkleidung an der Rückenlehne eines Armsessels in der Königsbank der Kapelle, der in seinem Versteck von einem Granatsplitter getroffen worden ist, darf nicht ausgebessert werden. Das Loch ist bis auf den heutigen Tag zu sehen.
Auf dem Platz bei den Ställen fehlt der rechte Eckpavillon. Im November 1944 kam es zu einem precisiebombardement auf die Stallungen des Paleis Het Loo, in denen die Waffen-SS ihr Hauptquartier hatte. Der rechte Eckpavillon wurde dabei zerstört. Das Schlosspersonal überlebte den Angriff, doch der Schaden hinterließ einen bleibenden Eindruck. Der „verschwundene Pavillon“ ist zum Gedenken an den Krieg nicht wiederaufgebaut worden, die Umrisse sind jedoch mit Backsteinen sichtbar gemacht worden. Das Muster der Ziegelsteine lässt die Konturen des Eckpavillons also noch erkennen.